L'organisme responsable de la gestió i el finançament d'aquest programa és l'Agència Espanyola de Cooperació Internacional per al Desenvolupament (AECID), que depèn del Ministeri d'Afers Exteriors i de Cooperació.
Des del Vicerectorat d’Internacionalització i Cooperació es gestiona la convocatòria d'ajuts del Programa de cooperació interuniversitària i recerca científica (PCI). Aquest programa, que es convoca anualment, pretén contribuir a l’enfortiment dels centres d’educació superior i de recerca dels països socis a través d’activitats conjuntes i de transferència de coneixements i tecnologia que permetin crear o millorar capacitats institucionals. Les accions d’aquest programa, que s’han d’emmarcar en àrees temàtiques prioritàries per a la cooperació espanyola, es poden dur a terme en l'àmbit de quatre àrees geogràfiques:
Les modalitats d’aquest programa són les següents:
AP. Accions preparatòries.
A1. Accions integrades per l'enfortiment científic i institucional (abans, modalitat D).
A2. Accions integrades per l'enfortiment científic i institucional en triangulació interna.
A3. Accions integrades per l'enfortiment científic i institucional en triangulació interna.